Ao cadastrar um vendedor você deve informar o percentual de comissão, e para consultar a comissão de um vendedor no PagVendas, faça o seguinte:

1. Acesse o menu e vá em Relatórios consolidados
2. Toque em Comissão total 
3. E será apresentada a comissão de cada vendedor de acordo com as datas selecionadas

Ainda não é possível fazer o repasse da comissão de forma automatizada, o repasse deve ser realizado pelo titular da conta.